عرف الإنسان منذ القدم كيفية تنظيف أسنانه، فقد وجدت أدوات تنظيف أسنان في الآثار البابلية والمصرية ويُرجح المؤرخون أن أقدم محاولة لصناعة معجون الأسنان قد تمت في مصر حيث تم صنع خليط من ملح مطحون وفلفل وزهور السوسن وأوراق النعناع، وبعدها كان الصينيون يمضغون عصي صغيرة من شجيرات عطرية وصنعوا معجوناً يحتوي على العديد من الأعشاب مثل عشبة الجنسنغ وبودرة الفحم أو بودرة أصداف البحر. بدأت فكرة معجون الأسنان بشكله الحالي عام ١٨٩٢ عندما قام الدكتور شيفلد باختراع عبوة قابلة لتخزين هذا المعجون وبعد أربع سنوات فقط بدأت كولجيت بإنتاج معجون أسنانها الشهير. ومع تقدم علم الكيمياء تم إنتاج مواد جديدة وخلطات كيميائية خاصة لصناعة معاجين خاصة لتنظيف الأسنان وفي عام ١٩٥٥ حصل المخترع الأمريكي مارافينو على براءة اختراع لابتكاره أنبوباً به معجون وحال الضغط عليه يخرج وقد تزين بخطوط ملونة، هذا الابتكار تم استخدامه في عام ١٩٦٥ وانتجت الشركات معاجينها المزينة بألوان متعددة.