يعتبر البابا يوحنا بولس الثاني أول بابا كاثوليكي يدخل مسجد اسلامي وذلك خلال زيارته لسوريا عام ٢٠٠١، وقد قام بالصلاة داخل المسجد الأموي في دمشق، وهناك قد ألقى خطبة يدعو المسلمين والمسيحين واليهود للتعاون والتسامح فيما بينهم، وهناك قام بتقبيل القرآن الكريم الأمر الذي أزعج بعض الكاثوليك في العالم.