ظلت فرنسا طوال القرن الثامن عشر تتحين الفرصة للاستيلاء على مصر حتى سنحت لها في سنة ١٧٩٨ على يد نابليون بونابرت الحاكم الفرنسي الذي كان يحلم بإنشاء امبراطورية فرنسية واسعة في الشرق كما كان يريد طرد الإنجليز من الهند وقطع الطريق بين انجلترا والهند وكانت مصر مفتاح الطريق الى هذه البلاد. بلغ عدد جنود الحملة ٣٦ ألف مقاتل أعد لنقلهم سفن كثير كما اصطحب نابليون معه طائفة من العلماء والصناع وكذلك أخذ مطبعة باللغة العربية ومطبعة بالفرنسية. وخرجت الحملة من فرنسا في ١٩ مايو ١٧٩٨ بقيادة نابليون بونابرت فوصلت الى جزيرة مالطة واستولت عليها، ثم واصلت الحملة مسيرتها فوصلت الى الإسكندرية واستولت عليها في يوليو من نفس العام، ثم أرسل نابليون حملة لاحتلال رشيد وبعد أن استولت عليها سارت الحملة جنوباً في فرع رشيد حتى التقت مع بقية الجيش الفرنس. وترك نابليون حملة في الإسكندرية بقيادة كليبر، ثم سار بجيشه فاحتل باقي المدن التي قابلته حتى وصل الى القاهرة حيث هزم المماليك على طول الطريق ودخلها محتلاً في ٢٧ يوليو ١٧٩٨. فقدت الحملة الفرنسية معظم سفنها في موقعة أبي قير البحرية في أغسطس ١٧٩٨ عندما هاجم نلسن قائد الأسطول الإنجليزي الذي كان قد وصل الى الإسكندرية لحمايتها من الغزو الفرنسي، فلما طرده المصريين قبل أن تقع الإسكندرية في الاحتلال الفرنسية اتجه الى أبي قبر حيث تصيد سفن نابليون وهزمه هزيمة منكرة فقد فيها نابليون سفنه، كما ضاعت منه وسائل الإتصال بفرنسا، وبالتالي فقد الحملة أملها في وصول الإمدادات الحربية إليهم. قامت المقاومة الشعبية في القاهرة بالثورة الأولى في أكتوبر ١٧٩٨ ومن نتائجها مغادرة نابليون مصر الى فرنسا وترك كليبر قائداً عاماً للحملة، ثم اندلعت ثورة القاهرة الثانية في مارس ١٨٠٠، وفي يونيو من نفس العام قام سليمان الحلبي الشاب السوري الذي كان يدرس بالجامع الأزهر باغتيال كليبر. تم تعيين مينو قائداً للحملة بعد اغتيال كليبر ولكنه كان ضعيفاً ويريد العودة الى بلاده، وعندما عجزت الجيوش التركية من طرد الفرنسيين استعانت بالجيوش الإنجليزية، وبمساعدة المقاومة الشعبية المصرية غير المسلحة تمت هزيمة الفرنسيين في أبي قير والإسكندرية، ثم سلم لهم القائد الفرنسي القاهرة وتم نقله هو وجنوده ومعداته على سفن إنجليزية الى فرنسا. وتم الجلاء نهائياً عام ١٨٠١ وعادت مصر كما كانت ولاية عثمانية. من أعظم نتائج الحملة الفرنسية هي العثور على حجر رشيد وتم حل رموزه من اللغة الهيروغليفية الى اللغة الفرنسية وبعدها بدأ الاهتمام بدراسة الآثار المصر القديمة.