وصل الإسلام الى الجزر المعروفة بإندونيسيا عبر التجار الحضارمة والعمانيين، وانتشر عبر المصاهرة مع الحكام ثم الى الرعية فتأسست ممالك إسلامية في مناطق مختلفة من جزر إندونيسيا. طمع الاستعمار الأوروبي في توابل إندونيسيا مثل الفلفل وجوزة الطيب والقرنفل، وكان البرتغاليون أول المستعمرين لكنهم واجهوا مقاومة شديدة وثورات. وصل الاستعمار الهولندي الى إندونيسيا نهاية القرن الـ١٦ فأسس الهولنديون شركة الهند الشرقية الهولندية للسيطرة على التجارة وأنعشوا تجارة العبيد بشكل غير مسبوق وارتكبوا مجازر وحشية وصفت لاحقاً بالإبادة الجماعية. قاوم سكان الجزر الاستعماربأشكال متكررة ومن أبرز تلك الفصول: حروب بادري ١٨٢١، حرب جاوة ١٨٢٥ – ١٨٣٠. أساء الاستعمار الهولندي فهم الإسلام واعتبره مكوناً سطحياً ضمن الثقافة الشعبية، ورفض التعاليم الإسلامية التي تحارب الاستعمار فضيق على رحلات الحج والمدارس الإسلامية. حاول الهولنديون فهم الإسلام بشكل أعمق عبر المستشرق “سنوك هرخرونيه” الذي نصحهم بتخفيف القيود على الحج مع منع وصول الأفكار المعادية للاستعمار، وإبقاء الإسلام مختلطاً بالموروثات الشعبية لتشكيل نسخة إندونيسية قومية من الإسلام، ومنع أي عمل سياسي يحركه الإسلام. اجتاحت اليابان إندونيسيا خلال الحرب العالمية الثانية في ظل أفكار الصحوة القومية التي تعاونت مع حركات إسلامية تسعى للاستقلال. انسحبت اليابان بعد الهزيمة في الحرب وأعلن استقلال إندونيسيا ليحاول الهولنديون فرض سيطرتهم من جديد. ارتكبت هولندا مذابح دموية خلال الفترة الممتدة من ١٩٤٥ الى ١٩٤٩ أسفرت عن قتل حوالي ١٥٠ ألف شخص قبل الخروج من إندونيسيا. اعتذرت هولندا عن بعض مجازرها في تلك الفترة لكن لم تعتذر عن بقية الجرائم التي وقعت خلال الاستعمار الطويل.