أمراض المناعة الذاتية تحدث عندما يهاجم الجهاز المناعي خلايا الجسم السليمة، ما يؤدي إلى التهابات وتلف في الأعضاء مثل المفاصل والجهاز العصبي والغدة الدرقية والبنكرياس، وتشمل أمراضاً مثل التهاب المفاصل الروماتويدي والتصلب المتعدد والصدفية والسكري من النوع الأول، وتكمن خطورتها في أن أعراضها قد تتشابه مع أمراض أخرى مما يؤخر التشخيص، وترتبط أسبابها بعوامل وراثية وهرمونية وبيئية ونمط الحياة.