لا تنشأ معظم الأعراض المزعجة المصاحبة للمرض من الميكروب نفسه، بل من استجابة الجهاز المناعي لمحاربته، فعندما يغزو الجسم ممرض مثل فيروس الإنفلونزا تبدأ الخلايا المناعية بإطلاق جزيئات تنظم الهجوم الدفاعي، وتؤثر هذه المواد في الدماغ وأعضاء الجسم فتسبب الحمى والآلام والنعاس وفقدان الشهية والعطش، كما قد تؤثر في المزاج والتركيز، ويعتقد أن لهذه الأعراض دوراً مفيداً في دعم التعافي، مثل إبطاء نمو بعض الميكروبات وتوجيه طاقة الجسم نحو المقاومة، ورغم ما تسببه من انزعاج فإنها تعكس في الغالب عملاً دفاعياً معقداً صقلته مسيرة التطور لحماية الإنسان من الأخطار الخارجية.