الفرق بين الصاروخ الباليستي وصاروخ كروز يكمن في طريقة الطيران والتوجيه والسرعة والاستخدام، فالصاروخ الباليستي هو صاروخ يتبع مساراً قوسياً يعتمد بشكل أساسي على قوانين الفيزياء مثل الجاذبية والقصور الذاتي، إذ يُطلق نحو الطبقات العليا من الغلاف الجوي ثم ينفصل رأسه الحربي ليعود ويسقط نحو الهدف، ويُحدد مساره مسبقاً عند الإطلاق دون توجيه مستمر أثناء الطيران، لذلك تكون سرعته عالية جداً ويصعب اعتراضه، كما أن مداه كبير وقد يصل إلى أكثر من ١٠ آلاف كيلومتر في الصواريخ العابرة للقارات، أما صاروخ كروز فهو صاروخ موجه يطير على ارتفاعات منخفضة داخل الغلاف الجوي، ويتبع مساراً محدداً مسبقاً أو يتم تعديله أثناء الطيران، ما يجعله قادراً على إصابة أهداف ثابتة أو متحركة بدقة عالية، ويعتمد على محركات نفاثة تحافظ على سرعة شبه ثابتة عادة أقل من سرعة الصوت، ويتميز بقدرته على المناورة وتفادي الدفاعات الجوية عبر تتبع التضاريس، لكنه أبطأ من الصواريخ الباليستية وأقصر مدى، كما أنه أسهل نسبياً في الاعتراض، وبشكل عام يتميز الباليستي بالقوة والمدى والسرعة، بينما يتميز كروز بالدقة والمرونة في التوجيه.