سميت الخرطوم بهذا الاسم وفق عدة روايات، أشهرها أن الاسم مستوحى من شكل الأرض عند ملتقى النيلين الأبيض والأزرق حيث تبدو بانحنائها الضيق كخرطوم الفيل خاصة عند رؤيتها من الأعلى، فأطلق سكان المنطقة هذا الاسم تشبيهاً للشكل الجغرافي، وهناك رواية أخرى تشير إلى أن الكلمة موجودة في لغات بعض شعوب النيل مثل الدنكا بصيغة قريبة من خرطوم أو خارطوم وتعني مكان التقاء الأنهار وهو ما ينسجم مع موقع المدينة، كما توجد روايات أخرى تربط الاسم بنبات القرطوم الذي كان يزرع بكثرة في المنطقة أو بكلمات نوبية قديمة تعني موطن الإله، وبغض النظر عن أصل التسمية بقيت الخرطوم مرتبطة بموقعها عند التقاء النهرين وما يحمله من دلالة جغرافية وتاريخية.