قضية الإيدز في ليبيا بدأت عام ١٩٩٨ بعد تسجيل إصابات واسعة بفيروس HIV بين أكثر من ٤٠٠ طفل في مستشفى الفاتح، وتم اتهام طاقم طبي أجنبي بتعمد نشر العدوى، لكن تحقيقات دولية أشارت إلى أن السبب يعود إلى تلوث الأدوات الطبية وإعادة استخدامها وأن انتشار الفيروس بدأ قبل وصول الطاقم، ورغم ذلك استمرت المحاكمات وأصدرت أحكام بالإعدام قبل أن تتحول القضية إلى أزمة دبلوماسية انتهت عام ٢٠٠٧ بتسوية تضمنت تعويضات وإطلاق سراح المتهمين، لتبقى القضية من أكثر الملفات إثارة للجدل في تاريخ الطب والسياسة.